进行样品前处理的时候有可能会由于一些小的细节没有把握好造成测定结果的差异，例如涡旋震荡器进行样品混合提取时，由于有些涡旋震荡器的效力不是均匀的，会有部分样品提取的时候涡旋不充分，导致提取回收率低，而有些提取太充分导致一些干扰成分提取出来，影响了检测结果。还有一些是移液过程中使用的移液器不适合转移有机溶剂，导致移取的提取液体积不准，影响提取效率。还有一种情况是实际样品可能含有待测物的代谢产物，而方法确证样品是不含代谢产物的。

　　实际样品中可能会有待测物和代谢产物相互转化的情况，或者代谢产物干扰待测物的检测的情况，文献报道的LC-MS/MS方法测定人血浆中依西美坦ISR-1失败，推测是前处理过程影响样品的稳定性，冰浴条件下进行样品前处理，ISR-2依然失败，分析原因发现，依西美坦与其血浆中的代谢产物存在可逆反应，室温条件下会互相转化，改变处理条件，使用液液萃取，前处理溶液和萃取剂都经过预冷且在冰浴下进行样品萃取，可以抑制代谢产物转化成待测物。因此方法开发过程中需要考虑代谢产物是否会转化成原药的问题。